Shinichi Kudo è un brillante liceale appassionato di gialli e, nonostante la giovane età, collabora con la polizia nelle indagini e riesce a risolvere da solo anche i casi più complicati. Un giorno, mentre è al parco divertimenti con la sua amica d'infanzia Ran, nota qualcosa di sospetto, ma prima che possa agire gli viene somministrato da dei loschi uomini in nero uno strano farmaco che... lo fa tornare bambino! Chi sono e cosa nascondono quei misteriosi criminali che lo hanno fatto rimpicciolire? E, soprattutto, come farà a ritornare quello di prima? Ecco un caso davvero difficile per Shinichi, che questa volta però dovrà affrontare sotto le mentite spoglie del "piccolo detective" Conan Edogawa! Rimasto gravemente ferito, Conan si è salvato solo grazie all'intervento di Ran, che si è offerta di donargli il proprio sangue. Se la sua vita è salva, tuttavia, la sua identità segreta è seriamente in pericolo, dato che Ran mostra di essersi ormai convinta che Conan e Shinichi siano la stessa persona. Proprio quando il giovane detective si decide a rivelarle tutto, gli si para davanti Haibara con una pistola... Che si tratti di tradimento?
